Álvaro de Mendaña nació en 1542 en el seno de una familia de la pequeña nobleza berciana. Sus progenitores fueron Fernando Rodríguez de Mendaña e Isabel de Neira. El padre, natural de Villar de los Barrios (León), era, a su vez, hijo de Juan Rodríguez de los Barrios el Mozo, y de María de Escobar. La madre, oriunda de Villanueva de Valdueza (León), era hija del bachiller Ruy García de Castro, señor de Posada de Río (León) y alcalde mayor de los estados del marqués de Astorga, y de María de Neira.